高通量细胞计数仪可以提供快速、简便和准确的细胞计数和存活率计数，无需使用血球计数器，克服了手工计数的繁琐和主观性，节约实验时间，并能减少主观判断，避免产生错误。原理：台盼蓝排斥法。正常的活细胞，胞膜结构完整，能够排斥台盼蓝，使之不能够进入胞内；而丧失活性或细胞膜不完整的细胞，胞膜的通透性增加，可被台盼蓝染成蓝色。自动细胞计数仪应用台盼蓝染色法，再结合CCD成像，快速准确完成细胞计数和存活率计数。
高通量细胞计数仪是如何工作的？
开始使用流式细胞仪，准备要分析的样品。从细胞培养物，血液或分解的组织中获得的细胞应制成悬浮液。将该细胞悬浮液分成数个试管进行染色，保留未染色细胞作为对照。通过添加标记有荧光探针的抗体或染色细胞成分的染料对其他细胞样品染色。分析细胞内蛋白质时，先将细胞固定(使用福尔马林缓冲液)并进行透化(使用透化剂)，以使抗体和染料进入细胞。细胞与抗体或染料孵育后，将细胞在缓冲液中洗涤，然后重悬在基于盐的缓冲液中进行分析。然后将准备好的样品引入流式细胞仪。
三个主要输出测量值是前向散射，侧向散射和荧光信号。激光的可见光会反射出每个流通池，从而提供流通的尺寸和形状特征。前向散射的前向散射(FSC)是从正方向来的散射而反射细胞的大小。沿着激光路径测量散射，每个单元将使光围绕单元的侧面弯曲，从而引起衍射。因此，FSC的强度反映了细胞的直径。
侧面散射。该侧向散射(SSC)是在90度激光束下测量的散射，反映了细胞的粒度或复杂性。细胞中的结构将改变进入细胞的光波的方向，从而导致特定的细胞结构(例如颗粒和细胞核)折射光。SSC越强，折射越大，则预期单元中的粒度就越大。
